永州市疾病预防控制中心是2003年卫生体制改革，经永州市人民政府批准成立的财政全额预算的副处级事业单位，归口市卫生健康委员会管理。主要职责是负责全市传染病、慢性非传染性疾病预防控制技术规划的拟定，组织实施与效果评价；相关疾病预测及评估；公共卫生检验检测、卫生学评价;健康知识宣传；应用研究与技术指导；实施免疫接种规划；职业卫生、放射卫生技术服务；突发公共卫生事件的应急处理；疫情信息管理等预防控制工作。2016年设立水质监测中心，归口我中心管理。主要职责：承担市城市管理行政执法局委托的相关水质监测。具体包括城市市政供水行业水源水、出厂水、管网水、二次供水及自来水为水源的各种深度处理水的监测；全市城市各污水处理企业水质达标排放处理水的监测；全市城市生活垃圾填埋场渗滤液排放水的监测。
中心（包括水质监测中心）现有人员编制97名，其中疾控中心85名，水质监测中心12名。现有在职人员99名，其中在编人员共94人，临聘人员5人。其中卫生专业技术84人，硕士研究生学历10人，本科学历 49 人，大专及以下学历21人。高级职称20人，中级职称33人，初级职称 31人。
内设机构15个。职能管理科室5个，即办公室、政工科、党务纪检监察室、财务科、质量管理科。业务科室10个即急性传染病防治科、应急办、免疫规划科、食品安全与环境危害因素控制科、职业危害因素控制科、性病艾滋病防治科、结核病防治科、寄生虫地方病慢性非传染性疾病防治科、微生物检验科、理化检验科。
中心占地面积16668㎡，疾控大楼建筑面积8900㎡，其中实验室面积3500㎡。固定资产3000多万元。配有电感耦合等离子体质谱仪、气相色谱-质谱联用仪（带吹扫捕集系统）、流动注射分析仪、超高效液相色谱仪、全自动固相萃取仪、原子吸收分光光度计、原子荧光光谱仪、气相色谱仪、离子色谱仪、微波消解仪、实时荧光定量PCR仪、核酸自动提取仪、流式细胞仪、蛋白印迹仪、多重食源性致病菌核酸检测系统、脉冲场凝胶电泳仪、上转发光微生物免疫分析仪、全自动微生物生化鉴定仪等高端进口仪器设备50多台件。建有国家级流感监测网络实验室、HIV确认实验室、分子生物学实验室、万级（局部百级）净化室等专用实验室，实验室设置布局实用合理。