监督医疗机构执行医疗卫生有关法律、法规、政策和技术规范；拟定医疗机构和医疗服务全行业管理办法并监督实施，指导医院药事、临床实验室管理等工作，参与药品、医疗器械临床试验管理工作；执行医疗机构评审评价办法，组织指导医疗机构评审评价；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度并督促实施；负责医疗行业作风建设和纠风工作；负责实验室生物安全监督；贯彻落实献血的法律、法规、政策；制定全县无偿献血规划，督促县直和乡镇落实无偿献血任务；组织开展对采供血机构及医疗单位用血的监督管理，推广临床成份用血；承担血液管理的统计、信息工作；督促指导预防和控制经血液途径传播疾病的教育与培训工作。负责组织实施病残儿童鉴定的初筛和计划生育手术并发症鉴定工作。
贯彻执行中医、民族医法律、法规和政策；拟订全县中医药民族医药发展和人才培养规划，组织指导中医药民族医药保护、挖掘、整理、开发和利用；指导中医药民族医药临床应用推广；推进全县中医药民族医药产业化建设。负责中医药事业建设项目管理；负责中医医疗、预防、保健、康复及临床用药等监督管理；监督和协调医疗研究机构的中西医结合工作。