一、办公室(人事财务股)
负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、政务信息化、新闻宣传等工作。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、教育培训、 劳动工资等工作，加强水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。负责编制部门预算并组织实施，承担财务管理工作和资产管理、内部审计工作。参与组织提出县级水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的绩效评价。提出有关水利价格、 税费、基金、信贷的建议。负责县水利局行政事业性收费统一管理工作。负责离退休人员管理服务工作。
二、水资源与政策法规股(行政审批服务股)
承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨县(乡、镇）水事纠纷，组织调查涉水违法事件。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。负责本单位所有行政审批事项的统一受理、登记、申报资料初审及办结事项的缴费、制证(文)、盖章、发证(文)等服务工作，并派员进驻县政务服务中心办公。
三、河湖管理股(河长制工作股、水土保持股)。
 指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，承担县河长制工作委员会办公室的日常工作。拟定县河长制工作规章制度、工作计划、考核方案等并组织实施。督办落实县级河长部署的工作任务，统筹协调县河长制工作委员会成员单位河湖保护工作，指导乡镇河长制工作。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核权限内开发建设项目水土保持方案并监督实施。负责水土保持补偿费征收使用制度的实施。
四、水利工程质量与运行安全监管股(水旱灾害防御股)
组织实施水利工程质量监督。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。督促检查水利重大政策、 决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝等水利工程的安全监管。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担台风防御期同重要水工程调度工作，承担防洪保护区的洪水影响评价工作。承担跨区域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施。组织指导大型调水工程前期工作。指导监督跨区域流域调水工程的调度管理等工作。拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划。审核重点水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施县级水利建设投资计划，统筹协调项目实施的监督管理。组织实施全县水利科学技术发展规划，拟订水利行业地方技术标准、规程规范并监督实施，组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。指导水库、水闸、堤防等水利基础设施建设，指导重要病险水库(水闸)、重要堤防的除险加固。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。组织开展大中型灌排工程建设与改造，农村饮水安全工程建设管理，节水灌溉有关工作。承担水利统计工作。
五、安全生产监督管理股(水库移民股)
组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作。指导节水灌溉有关工作。承担水能资源的监督管理工作。组织拟订农村 水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改 造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。负责中大型水库移民管理工作，审核大中型水利工程移民安置规划和后期扶持规划并组织实施，承担大中型水库的移民搬迁安置和后期扶持工作，组织实施大中型水库移民安置验收和监督评估等制度。负责管理中大型水库移 民资金。协调推动县内水库移民对口支援工作。

新晃侗族自治县水利局是主管全县水利行政管理的县政府工作部门。主要负责执行国家有关水利工作的方针、政策、法律法规，组织拟定全县水资源工作的发展战略和中、长期规划、年度计划并组织实施。担负全县水资源统一规划、配置、节约、保护和管理，水利工程建设与管理、防汛抗旱、水土保持及河道管理等任务。
新晃侗族自治县水利局系财政全额拨款事业单位，设办公室(人事财务股)、水资源与政策法规股(行政审批服务股)、河湖管理股(河长制工作股、水土保持股)、水利工程质量与运行安全监管股(水旱灾害防御股)、农村水利水电股(水库移民股)等股室。