负责本部门所有行政审批事项的统一受理、登记、申报资料初审及办结事项的缴费、制证（文）、盖章、发证（文）等服务工作，并派员进驻市政务服务中心办公；牵头协调需送其他股室审核、或需经现场勘查、专家论证、集体研究的行政审批事项，督促相关股室在承诺期限内完成相关审核工作；承办本部门组织或参与其他部门组织的并联审批，并按权限签署审查意见；负责本部门进驻市政务服务中心的行政审批服务事项及人员的动态管理。承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。
    组织指导水政监察和水行政执法，协调跨县（市、区）水事纠纷，组织调查重大涉水违法事件。
    承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作，指导水量分配工作并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。指导地下水开发利用、地下水资源管理保护。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。
    指导水域的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。承担市河长制工作委员会办公室的日常工作。拟定市河长制（湖长制）工作规章制度、工作计划、考核方案等并组织实施。督办落实市级河（湖）长部署的工作任务，统筹协调市河长制工作委员会成员单位河（湖）保护工作，指导乡镇河（湖）长制工作。
    承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报，审核权限内开发建设项目水土保持方案并监督实施。负责水土保持补偿费征收使用制度的实施。