(一）承担全市动物疫情分析和处理，承担动物疾病监测、诊断、流行病学调查、疫情报告等动物疾病预防控制工作。
(二）承担动物疫情流行趋势的风险评估、预警预报和疫病净化工作，为动物及其产品生物安全提供服务保障。
(三）承担动物疾病（包括人兽共患病）防控工作。研究提出重大动物疫病（包括人兽共患病）预防控制规划、扑灭计划、应急预案和公共卫生政策建议。
(四）承担全市动物和动物产品检疫工作。为动物诊疗机构和从业人员管理提供服务保障。
(五）承担屠宰环节质量安全保障工作，为全市畜禽屠宰行业管理提供服务保障。
(六）对县市区动物疫病预防控制中心进行业务指导。
(七）承担市农业农村局交办的其他工作。
内设机构，规格为副科级：
(一）综合部。负责单位日常运转工作，承担信息、保密、信访、新闻宣传、档案及安全管理、综合治理、信访维稳、文明创建及安全生产等工作。
(二）人事部。负责单位的人事、机构编制、劳动工资等工作，承担党建、纪检监察和教育培训等工作。
(三）财务部。负责单位的财务管理、资产管理等工作。承担动物防疫项目经费管理工作。
(四）防疫应急部（加挂兽医公共卫生部）。研究提出重大动物疾病（包括人兽共患病）预防控制规划、扑灭计划、应急预案建议。承担突发动物疫情应急处置现场技术指导，指导重大动物疫病预防、控制和扑灭工作。负责全市动物疾病流行病学调查、疫情预警预报工作。
(五）屠宰行业事务部。承担畜禽屠宰行业管理工作。承担畜禽屠宰行业监测和屠宰企业兽医卫生风险评估工作，为畜禽屠宰行业管理提供服务保障。
(六）兽医与动物检疫部。承担动物和动物产品的检疫、调运备案工作。承担动物检疫信息填报、动物检疫人员培训工作。为动物诊疗机构与从业人员管理提供服务保障。
(七）兽医诊断部（加挂中心实验室）。负责全市动物疾病的检验、病原确诊、实验室诊断等工作。承担制定全市动物疫情监测工作计划和方案并组织实施。承担动物疫病监测、免疫效果评估、动物疫病监测信息填报等工作。承担全市兽医系统实验室验收和检验人员培训等工作。
(八）防疫信息部。负责全市动物防疫体系信息监测和统计分析工作，承担计划内疫苗、消毒药品、防护用品、检疫票证、动物耳标等动物防疫物资的计划衔接、采购等服务性工作，对县级防疫物资管理进行指导。