承担全市水路建设和运输市场行业监管工作，拟订水路工程建设、维护、运营和水路航政、港政相关政策、制度和技术标准并监督实施；按规定承担重点水路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；负责水路重点基本建设项目的绩效监督和管理；负责航道行政和港口行政管理；拟订全市航道、港口、码头等运输设施养护管理政策并监督实施；负责港口及外轮理货、引航等港口辅助业，港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理；组织协调国、省、市重点物资运输和紧急客货水路运输；负责指导水运环境保护工作；负责渔船检验和监督管理工作。负责管理和指导全市交通运输行业的科学技术工作，组织拟定交通科技发展政策、规划和计划，组织交通科技项目攻关并促进成果推广；负责交通科技专项资金的管理。