指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。指导水库、水闸、堤防等水利基础设施建设，指导重要病险水库（水闸）、重要堤防的除险加固。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收。组织实施水利工程质量监督。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用、组织编制水库运行调度规程、指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。
组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要河湖和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。承担台风防御期间重要水工程调度工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。承担跨区域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施。组织指导大型调水工程前期工作。指导监督跨区域流域调水工程的调度管理等工作。