1.指导农用地、农业生物物种资源及农产品产地环境保护与管理。指导农产品产地环境监测。负责农业面源污染综合治理，组织开展农业环境影响评价，搞好农业环境污染综合防治示范区建设，牵头组织秸秆等农业废弃物资源化利用和农膜回收工作。牵头拟订畜禽养殖禁养、限养区划定方案，并指导实施。
2.指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设。
3.负责农业野生植物资源保护、开发利用工作，牵头外来物种管理，组织指导农业外来物种风险评估、监测预警、综合治理、信息发布工作。
4.指导重金属污染耕地修复和安全利用工作。
5.组织指导全县农村能源与农业资源环境信息统计工作。
6.负责农村沼气设施安全隐患监督管理工作。