1.安全运输管理股：组织拟订全县公路、水路安全生产管理政策并监督实施;牵头指导全县交通运输系统、交通专业运输企业安全监督管理工作；牵头协调综合应急管理；承担有关交通运输行业和公路、水路工程建设的安全生产监督管理工作；依法组织或参与重大安全生产事故的调查处理;负责安全信息统计、分析等工作。指导全县道路、水路客货运输和运输服务市场的行业管理;负责城乡客运及有关设施规划监督管理工作；参与拟订全县物流业发展有关政策，按规定负责物流市场有关指导监督工作；指导交通运输业户和交通运输外资、合资企业的资质审查；指导全县汽车综合性能检测、汽车（含摩托车）驾驶学校和驾驶员培训考试的行业管理；指导和协管运输及运输服务价格；指导全县交通运输行业节能减排工作；负责全县春运组织协调工作；负责制定交通运输行业地方标准和行业计量工作；参与指导交通运输综合行政执法机构运政执法工作；统筹协调国家铁路、邮政、高速公路等涉及地方相关工作；参与优化交通运输主要通道和重要枢纽节点布局。
2.海事管理、港航管理股：指导全县海事管理工作，指导港口、岸线、水上交通运输设施、船舶和浮动设施管理、修造与检验监督工作；负责航道管理、航标设置以及航道通航技术标准审核审查工作和协调水资源综合利用、航道通航条件影响评估；负责编制海事监督、船舶检验、航道、港航的新建改建（养护）工程项目年度计划；参与指导全县水路运输及运输服务业的行业管理工作；参与编制全县水路交通发展规划计划；指导监督水路工程建设，参与拟定水路工程质量安全监督管理办法；牵头负责水路基本建设项目的绩效监督和管理工作；参与组织协调水上突发事件应急处置工作；参与指导全县水上交通安全监督，指导防止船舶污染水域、通航秩序和通航环境管理工作；参与调查、处理水上交通事故和船舶污染事故；指导船员培训、船员考试有关工作；按规定权限管理和发布航行警（通）告；指导监督渔船检验工作；组织协调全县交通运输系统防汛抗旱工作；参与指导交通运输综合行政执法机构水上安全执法工作。
3.铁路股其主要职责为：参与铁路专用线监管工作。