根据上述职责，县农业局设8个内设机构：
（一） 办公室（加挂人事股牌子）
 负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常运转工作；承担安全、保密、信访、宣传、计生、社会治安综合治理、后勤服务管理等工作；承担政务公开和重大突发事件应急综合管理工作；承担人大代表建议和政协委员提案办理工作；负责局机关和直属单位的人事管理、机构编制和队伍建设等工作。
（二）监察室
 检查监察对象在遵守、执行法律、法规和上级决定、命令中的问题；协助党组抓好本局及所属单位的廉政勤政建设和反腐败工作，督促、协调本局研究、制订本系统综合治理腐败的有效措施；受理对监察对象违反行政纪律行为的控告、检举，调查处理监察对象违反行政纪律的行为；受理监察对象不服行政主管机关给予行政处分决定的申诉，以及管辖范围内法律、行政法规规定的其他由监察机关受理的申诉；监督检查本局及所属单位工作人员廉政勤政状况；完成所在地政府监察局和本局行政领导交办的其他工作。
（三）行政审批服务股
负责本部门所有行政审批事项的统一受理、登记、申报资料初审及办结事项的缴费、制证（文）、盖章、发证（文）等服务工作，并派员进驻县政务服务中心办公;牵头协调需送其它股室审核，或需经现场勘查、专家论证、集体研究的行政审批事项，督促相关股室在承诺期限内完成相关审核工作;负责本部门进驻县政务服务中心的行政审批服务事项及人员的动态管理；负责本部门行政审批专用章的保管和使用。
（四）计划财务股
提出全县农业固定资产投资规模、方向和县级财政性资金安排建议，按规定权限审批、核准县规划和计划内固定资产投资项目；拟订农业开发规划并监督实施；承办组织实施农业综合开发项目的有关工作；组织农业资源区划和遥感监测；提出扶持农业、农村发展的财政、信贷、保险等有关政策建议；编报部门预算并组织执行；承担提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议，经批准后与财政部门共同制定实施方案并指导实施；指导监督局系统财务、国有资产、政府采购管理工作；组织开展内部审计。
（五） 新农村建设和经济发展股
指导协调新农村建设，研究提出新农村建设的政策与规划建议，抓好新农村建设示范工作，会同有关部门组织开展新农村建设考核工作，参与指导农村全面小康建设和农村社会事业发展工作；承担指导村级集体经济发展和农村集体经济组织建设、资产财务管理和审计工作；配合做好行业扶贫等有关工作；会同有关部门研究提出城乡经济社会发展一体化体制机制改革的建议，指导协调县域经济发展，研究提出县域经济发展的政策与规划建议；会同有关部门组织县域经济年度考核工作，抓好县域经济情况综合和典型推介，参与农村小城镇规划和建设的有关工作，配合有关部门指导农业劳动模范管理工作。
（六）科技教育股
承担农业职业技能开发工作；参与拟订农业农村人才队伍建设规划和有关政策并组织实施；会同有关主管部门依法实施农业农村人才专业技术资格和从业资格管理；配合有关部门指导农村基层党的建设、基层政权建设和精神文明建设工作；配合有关部门指导全县农业劳动模范管理、农民体协工作。
会同有关部门组织实施科教兴农战略，拟订并指导实施农业生态建设规划，承办农业科技创新体系和产业技术体系建设相关工作，承担农业科研、技术引进、成果转化和推广工作，指导协调农民教育培训和农业教育工作，组织农民从业技能和农村劳动力就地就近就业培训工作，承担农业植物新品种保护和农业转基因生物安全监督管理工作，承担指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农业生物物种资源的保护和管理工作，承担指导农业面源污染治理有关工作，划定农产品禁止生产区域，承担指导生态农业、循环农业等发展，承办外来物种管理的相关工作。
（七）政策法规股（加挂农产品质量安全监管股牌子）
指导、推进、实施农村综合改革工作，组织拟订农业、农村经济发展的规范性文件草案；承办农业农村经济法律法规及规章的贯彻落实和执法监督工作，指导实施农业农村行政执法工作，指导农业农村行政执法体系建设，配合组织实施农业农村法制宣传和普法工作；承担相关行政复议和农业生产经营者的法律指导与服务工作，组织行政应诉工作；承担局机关规范性文件、重大行政决策的合法性审核工作；推进农业依法行政；参与组织开展农业贸易促进和有关经济、技术交流和合作，承办农业对外援助的有关事宜，参与接受农业援助工作，承办协调管理我县与有关国际农业组织或机构的合作与交流事务，承办涉及与港澳台地区有关的农业事务，配合有关部门协调农产品出口事务。承担组织农产品质量安全监督管理的有关工作；承担组织开展农产品质量安全风险评估的工作；承担实施农产品及相关农业生产资料国家标准的有关工作；承担组织实施农产品质量安全监测和信息发布工作；承担组织、指导农业检验检测体系建设的考核工作；承担依法实施符合安全标准的产品认证和监督管理的有关工作；承担畜禽屠宰的监督管理工作。
（八）农业产业化指导股　
拟订全县农业产业化经营的发展规划与政策并组织实施；承担全县农业产业化统筹协调和综合管理，指导全县农业产业化经营；指导协调休闲农业、农业产业化龙头企业发展；参与指导农产品物流业发展；拟订促进我县农产品加工业发展的政策、规划、计划并组织实施，指导农产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设，指导协调农产品加工园区建设；承担农业市场与经济信息工作，提出大宗农产品和重要农业生产资料的流通及价格政策建议；拟订农业农村经济信息体系、大宗农产品市场体系建设规划并组织实施；监测分析农业和农村经济运行，承担农业统计有关工作，采集、发布农业和农村经济信息；指导农业农村信息服务；承担培育、保护和发展农产品品牌有关工作。
三、直属事业单位
（一）通道侗族自治县农民素质教育办公室（加挂湖南省农业广播电视学校通道侗族自治县分校牌子），为副科级法人事业机构，核定全额拨款事业编制9名，设主任1名。主要职责是：研究提出全县农民素质教育近期、中长期规划和年度计划并负责具体实施；组织管理全县农民素质教育，组织管理全县农业广播电视教育工作，负责县农民素质教育领导小组日常工作。
（二）通道侗族自治县植保植检工作站（加挂省际马龙边境植物检疫检查工作站牌子），股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制5名，设站长1名。主要职责是：负责全县农作物主要病虫预测预报，及时发布长、中、短期预报，指导群众开展病虫防治，为省市植保部门发布长期预报提供可靠数据，为政府制定重大病虫防治决策提供科学依据和防治规划。以植保新技术、新农药的引进试验为依托，承担病虫防治所需的关键技术的研究、示范和推广工作，为农民提供公益性病虫防治技术。制定重大病虫害防控预案，负责重大病虫害防控防治技术。开展以植保新技术为主要内容的咨询、培训等。植物病虫害防疫监督检查、运载植物及产品过境车辆检疫票证查验。
 （三）通道侗族自治县土壤肥料工作站，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制5名，设站长1名。主要职责是：负责制定全县土肥工作长期规划并组织实施；组织宣传、贯彻、执行《基本农田保护条例》、《肥料登记管理办法》等法律、法规；组织起草有关地方规范性文件草案并负责与土壤肥料有关的行政执法。指导监督全县耕地质量保养管理；负责向省土肥站和县政府提供全县耕地地力升降情况及化肥需求与营销信息；承担市土肥站下达的土壤肥力长期定位监测、化肥质量监督任务及各项土肥项目的实施。负责土壤普查、地力调查、农用地和“四荒”资源的综合开发利用以及节水农业的管理。负责全县土壤肥料行业标准的拟定并组织实施；承担上级农业部门下达的有关行业标准的制定。负责各种土肥水新技术、新产品的引进、试验、示范与推广。
 （四）通道侗族自治县农业资源和环境保护工作站，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制2名，设站长1名。主要职责是：负责开展农业农机资源环境保护宣传年各项活动。开展农机先进新技术、新机具，改变传统落后的生产方式。开展农业面源污染防治的数据收集等相关工作，开展污染防治相关专项调研和试验示范。做好农机资源环境保护监督员制度实施。做好“美丽乡村”创建和“三品”认证工作。
 （五）通道侗族自治县经济作物工作站，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制4名，设站长1名。主要职责是：负责蔬菜、水果、花卉等经济作物新品种的引进、区域试验、示范、技术推广体系管理，推广种植业技术，促进农业发展，技术培训，技术服务等工作；
 （六）通道侗族自治县粮食油料作物工作站，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制4名，设站长1名。主要职责是：研究提出粮食、油料作物生产发展战略、规划、年度计划、政策建议和重大技术措施、阶段性生产管理意见。拟订粮食、油料作物新产品开发、新技术试验计划并指导实施；具体负责优质粮油产品质量标准的拟订和组织审定；负责基本农田保护区的划定、保护、监督管理和质量监测；指导粮食、油料作物内部检疫、品种审定、种子种苗生产认证、种质资源管理工作；负责粮食生产基地、项目建设。
 （七）通道侗族自治县农业技术推广工作站，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制8名，设站长1名。主要职责是：负责粮油作物新品种选育、示范与推广。农业新技术引进、示范与推广。研究配套农业高产、高效、低成本综合农艺措施与推广。研究解决生产中的重大技术问题。培训乡﹙镇﹚农业专业技术人员。培训乡﹙镇﹚、村农业科技骨干及面对面农民科技培训。全县农业科技推广体系建议与管理。
 （八）通道侗族自治县种子管理工作站（加挂县农情信息工作站牌子），股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制3名，设站长1名。主要职责是：负责农作物新品种引进、区域试验、示范、推广计划；负责农作物品种管理；负责种子行政许可、行政处罚、行政管理，监督农作物种子生产、经营活动和种子质量；培训农作物种子种苗经营从业人员；依法查处生产、经营农作物种子的违法行为；承担农产品质量安全、农作物转基因生物、农药、肥料、种子、种苗等农资监管职能。
（九）通道侗族自治县农业信息中心，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制3名，设主任1名。主要职责：负责全局信息管理系统建设，制定信息化建设方案，并组织实施；指导全局计算机的应用、各种数据建立和管理工作；负责全局计算机网络维护和信息传输等工作；开展农业及农产品信息咨询和查询服务。
（十）通道侗族自治县生猪定点屠宰管理办公室，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制3名，设主任1名。主要职责是：负责辖区内的生猪屠宰活动的日常监督管理工作；负责监督所辖区域内生猪屠宰证、章和标志牌的使用情况。负责所辖区域内生猪定点屠宰场（长）生猪宰前验收、屠宰、检疫、品质检验、销售及无害化处理环节的监理工作；定期向本级政府及上级相关部门报送生猪屠宰管理情况；定期协调有关部门开展联合执法行动，打击所辖区内的私屠滥宰、注水、加工病害肉等违法行为；督促生猪定点屠宰场（长）定时上报病害猪无害化处理情况；严格生猪定点屠宰场（长）生产的缺陷产品召回制度，建立健全产品可追溯体系；
 （十一）通道侗族自治县农业行政执法大队，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制4名，设队长1名。主要职责是：受县农业局委托，负责本行政区域内农作物种子、苗木、农药、化肥等农业生产资料的生产和经营的管理和执法监督工作；参与农业环境污染事故和污染纠纷的调查处理；查处扰乱农业经济秩序案件；开展保护农民合法权益活动和农业法律法规宣传培训工作。
 （十二）通道侗族自治县农产品质量安全检测中心，股级法人事业机构，核定全额拨款事业编制6名，设主任1名。主要职责是：组织无公害农产品生产基地认定和产品认证工作，对初级农产品生产环节及市场农产品质量实施监测；开展农产品农药残留检测，主要开展果品、蔬菜等农产品外在品质、重金属、农药残留定性和定量分析。
 （十三）通道侗族自治县农科所，股级法人事业机构。主要职责是：开展主要农作物种质资源保护利用和本区域主要作物新品种选育及制种技术研究。对本县农业产业具有重大带动和促进作用的新技术、新产品进行科学研究和技术创新，主攻农作物高产优质高效栽培技术，土壤改良及培肥技术、耕作改制、农业节水、设施农业、农业产业化等技术研究及技术开发。承担农业安全生产技术研究，开展本县主要农作物危险性病虫、草害发生规律及防治（除）技术和防灾抗灾技术研究。
 （十四）通道侗族自治县原种场，股级法人事业机构。主要职责是：主要承担上级各项科学试验、农技推广、农业生产、种子生产和技术服务，协调与农业相关其它工作。   

通道县农业农村局负责贯彻落实中央关于“三农”工作的方针政策和决策部署，全面贯彻落实省委、市委、县委关于“三农”工作部署要求，在履行职责过程中坚持和加强党对“三农”工作的集中统一领导。筹研究和组织实施“三农”工作的发展中长期规划、重大政策。指导农业综合执法。统筹推动发展农村社会事业、农村公共服务、农村文化、农村基础设施和乡村治理。研究提出深化农村经济体制改革和巩固完善农村基本经营制度的政策建议。指导乡村特色产业、农产品加工业、休闲农业和乡镇企业发展工作。负责种植业、畜牧业、渔业、农垦、农业机械化等农业各产业的监督管理。负责农产品质量安全监督管理。组织农业资源区划工作。负责有关农业生产资料和农业投入品的监督管理。负责农业防灾减灾、农作物重大病虫害防控和动植物重大疫病防治工作。负责农业投资管理。推动农业科技体制改革和农业科技创新体制建设。指导农业农村人才工作。组织参与农业对外合作工作。贯彻执行上级有关农业综合开发的方针政策，提出农田建设项目需求建议，承担耕地质量管理相关工作，参与开展永久基本农田保护。完成县委、县政府和县委农村工作领导小组交办的其他任务。