(一)负责建立健全全县环境保护基本制度。贯彻执行国家环境保护的方针、政策和法律、法规，拟订全县环境保护规章制度和环境保护技术政策并监督实施。组织编制全县环境功能区划，组织拟订地方环境保护标准，组织拟订并监督实施重点区域、流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划，组织实施环境友好型社会建设目标，参与制定全县主体功能区规划。
(二)负责重大环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调全县重特大突发环境事件的应急、预警工作，协调解决全县跨区域环境污染纠纷，统筹协调全县重点流域、区域污染防治工作，依法负责排污费的征收、减缓免及稽查。
(三)承担落实全县减排目标的责任。组织实施全县主要污染物排放总量控制和排污许可证制度，提出实施总量控制的污染物名称和控制指标，督查、督办、核查全县污染物减排任务完成情况，实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
(四)负责提出全县环境保护领域固定资产投资规模和方向、县级财政性资金安排的建议。参与指导和推动全县循环经济与环保产业发展。参与应对气候变化工作。
(五)承担从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。受县政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价，对涉及环境保护的地方性法规、规章草案提出有关环境影响方面的建议，按国家和省里规定审核审批全县重大开发建设区域、规划、项目环境影响评价文件。
(六)负责全县环境污染防治的监督管理。制定水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理制度并组织实施，负责污染源的限期治理工作，负责危险废物经营许可证的审批颁发和监督管理。会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作。组织指导全县城镇和农村的环境综合整治工作。
(七)指导、协调、监督全县生态保护工作。拟订全县生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作，协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作。监督指导农村生态环境保护，监督生物技术环境安全，牵头生物物种(含遗传资源)工作，组织协调生物多样性保护。
(八)负责全县核事故应急管理工作以及核安全和辐射安全的监督管理。组织实施国家核与辐射安全政策、规划、标准。监督管理核设施安全、放射源安全，监督管理核设施、核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。负责放射性同位素、射线装置的生产、销售、作用审查。对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理。
(九)负责全县环境监测和信息发布。组织实施环境质量监测和污染源监督性监测。组织对全县环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织建设和管理全县环境监测网和环境信息网，统一发布全县环境综合性报告和重大环境信息。
(十)开展环境保护科技工作，组织开展环境保护重大科学研究和技术工程示范，推动环境技术管理体系建设，组织县级环境保护科技成果的鉴定、交流与推广。
(十一)开展环境保护对外合作交流，提出全县环境保护对外合作交流中有关问题的建议，开展对外环境保护信息交流工作，管理和组织协调环境保护国际条约县内履约活动，参与处理涉外环境保护事务。
(十二)组织、指导和协调全县环境保护宣传教育工作，制订并组织实施全县环境保护宣传教育纲要。开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
(十三)承办县委、县人民政府交办的其他事项。

根据《怀化市生态环境局职能配置、内设机构和人员编制规定》，在保留原有职责的基础上，积极整合发改委的应对气候变化和减排职责，自然资源局的监督防止地下水污染职责，水利局的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，农业农村局的监督指导农业面源污染治理职责，进一步完善和强化生态环境局的生态环境保护职责，切实统一行使生态保护和城乡各类污染排放监管与行政执法职责。推动生态环境保护工作从分头管理向统一监管、从业务部门向综合管理部门、从事前监管向事中事后监管、从主要督企向既督企又督政、从依靠行政检查向综合执法的“五个转变”，实现全县生态环境保护工作统规划、统一政策、统一标准、统一监测、统一执法、统监督“六个统一”的职能新定位。