（1）拟订全县医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度的地方性法规草案、规划和标准，并组织实施。
（2）组织制定并实施全县医疗保障基金监督管理办法，监督管理相关医疗保障基金，建立健全医疗保障基金安全防控机制，推进医疗保障基金支付方式改革。
（3）组织制定全县医疗保障筹资和待遇实施办法，完善动态调整和区域平衡机制，统筹城乡医疗保障待遇标准，组织拟订并实施长期护理保险制度改革方案。
（4）组织制定全县城乡统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录和支付标准，制定医保目录准入谈判规则并组织实施。
（5）组织制定全县药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等实施办法，建立医保支付医药服务价格合理确定和动态调整机制，建立价格信息监测和信息发布制度，制定全县定点医药机构协议和支付管理办法并组织实施。
（6）制定全县药品、医用耗材的招标采购办法并监督实施，指导药品、医用耗材招标采购平台建设。组织制定和完善异地就医管理和费用结算办法，建立健全医疗保障关系转移接续制度。
（7）负责全县医疗保障经办管理、公共服务体系和信息化建设。指导、监督全县医疗保险、大病保险（含职工大病互助）、生育保险、医疗救助等医疗保障经办业务工作及医疗基金安全，依法查处医疗保障领域违法违规行为。
（8）职能转变。通道侗族自治县医疗保障局应完善统一的城乡居民基本医疗保险制度和大病保险制度，巩固完善城乡居民医疗救助制度，建立健全覆盖全民、城乡统筹的多层次医疗保障体系，不断提高医疗保障水平，确保医保资金合理使用、安全可控，推进医疗、医保、医药“三医联动”改革，更好保障人民群众就医需求、减轻医药费用负担。
（9）与通道侗族自治县卫生健康局等部门在医疗、医保、医药等方面加强制度、政策衔接，建立沟通协商机制，协同推进改革，提高医疗资源使用效率和医疗保障水平。
（10）完成县委和县政府交办的其他任务。
内设机构：
（1）办公室:负责机关日常运转，承担文电、会务机要、档案信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传等工作。
（2）规划财务和法规股:组织拟订全县医疗保障工作规划。承担机关和经办单位预决算、机关财务、资产管理、内部审计工作；拟订并组织实施全县医疗保险、大病保险（含职工大病互助）、生育保险、公务员医疗补助、离退休医疗保障办法和机关企事业单位补充医疗保险办法；拟订并组织实施全县城乡医疗救助制度；建立健全医疗保障关系转移接续制度；组织拟订长期护理保险制度改革方案并组织实施。
（3）医药服务和定价采购股:拟订全县医保目录和支付标准，制定医保目录准入谈判规则并组织实施；拟订定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算办法；拟订全县药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等办法并组织实施；承担政府定价药品、医用材料和有关制品、公立医疗机构医疗服务价格的管理及医疗机构价格等级评定工作。拟订药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理办法并监督实施；制定全县医疗机构网上药品、医用耗材集中采购方案和网上药品、医用耗材集中采购目录；监督管理药品企业、医疗机构网上药品、医用耗材集中采购交易活动。
（4）基金监管股:拟订全县医疗保障基金监督管理办法并组织实施。监督管理全县医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障经办业务工作及医疗基金安全，依法依规查处医疗保障领域违法违规行为。 

按照《通道侗族自治县机构改革方案》通办发〔2019〕1号精神，将县人力资源和社会保障局的城镇职工和城镇居民基本医疗保险、生育保险、新型农村合作医疗职责，县发展和改革局的药品和医疗服务价格管理职责，县民政局的医疗救助职责整合，组建县医疗保障局，是县人民政府工作部门，为正科级单位。通道侗族自治县医疗保障事务中心为通道侗族自治县医疗保障局二级机构，副科级。