组织拟订并监督实施土壤、地下水污染防治和自然生态保护规划及实施方案；指导农村生态环境保护和农村生态环境综合整治工作，监督指导农业面源污染防治、规模畜禽养殖污染防治；指导协调和监督生态保护修复工作，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导生态示范创建工作；组织开展自然生态状况评估；监督落实国家各类自然保护地监管制度；承担生态红线相关监管工作；监督野生动植物保护、湿地生态环境保护、荒漠化防治工作；协调开展生物多样性保护工作；参与生态保护补偿工作。