组织拟订并监督实施水污染防治规划和重点流域、饮用水源地生态环境保护方案；组织编制水功能区划和饮用水源区划；办理水污染物排放许可，核定水污染总量控制指标、水污染物排污权指标；监督入河排污口的设置管理；协调配合城市黑臭水体防治工作；承担生态环境科技工作，推广生态环境示范技术、示范工程；参与指导和推动循环经济与生态环境保护产业发展；指导监管清洁生产审核工作。