农业农村部信息中心领导班子由主任、副主任和总工程师组成，内设13个处室，分别是办公室、计划财务处、研究与规划处、通讯与网络处、技术服务处、信息安全处、系统开发处、数据资源处、信息分析处、舆情监测处、舆情调研处、网站运行处、信息服务处。

目前，农业农村部信息中心正立足于自身职能定位，从农业农村部系统和农业信息化全局的实际需要出发，致力于“三中心一基地”的发展愿景。即努力打造面向农业农村部系统的农业农村部电子政务技术中心、面向农业信息化一线的全国农业信息化促进中心和面向农业全产业链的国家农业大数据开发中心，同时积极推进将多年来积累的成熟技术向地方转移，打造农业信息化孵化基地。